El 19 de Septiembre de 1986 se inauguraba la sede actual del Museo, obra de Rafael Moneo Vallés, exponente clave de la Romanización de Hispania, explicada a través de las piezas recuperadas del yacimiento emeritense.

Centro investigador y difusor de la cultura romana, en él se celebran congresos, coloquios, conferencias, cursos, exposiciones y otras muchas actividades de ámbito nacional e internacional.

En la actualidad la arquitectura de los museos ha adquirido una gran importancia, siendo evidente el protagonismo de los poderes públicos como responsables de la conservación, fomento y difusión de los bienes culturales. Las últimas realizaciones que se han llevado a cabo en todo el mundo expresan un creciente interés por estas instalaciones, a las que la sociedad moderna ha despojado de un contenido esencialmente pasivo, para convertirlas en lugares no sólo de conservación y colección, sino especialmente en productores de comunicación y difusión de la cultura. El papel de la arquitectura en estos edificios multivalentes, donde ésta se encuentra albergando y enfrentándose a otras manifestaciones culturales es complejo pero enormemente sugerente.